Lorsque la police commença à le cerner de près, Schinderhannes passa le Rhin et s'engagea dans l'armée autrichienne sous le nom de Jakob Schweikart. Mais un ancien comparse le reconnut : il fut livré aux autorités françaises et incarcéré dans une tour médiévale des remparts de Mayence, la porte de Bois (Holzturm). Son procès se tint au palais de justice de Mayence, l'Hôtel de Stadion. Il fut défendu par Georg Friedrich Rebmann.

Lorsqu'on menaça d'arrêter sa maîtresse, Juliana Blasius, pour complicité, Schinderhannes passa aux aveux et dénonça ses acolytes. Dix-neuf d'entre eux furent condamnés à mort. Malgré sa coopération, Schinderhannes fut lui aussi condamné, et guillotiné devant les portes de Mayence le . Plus de 40 000 personnes assistèrent à son exécution.